Nama "Masjid al-Aqsa" bermaksud "masjid paling jauh", dan ia diambil daripada peristiwa Israk dan Mikraj, satu periwayatan Muslim tentang perjalanan Nabi Muhammad SAW yang berlangsung pada tahun 621 M. Berdasarkan pada ayat al-Quran, Nabi Muhammad melakukan perjalanan dengan menaiki Buraq dari Masjidil Haram (di Makkah, selatan Arab Saudi) sehingga ke "masjid yang paling jauh" iaitu Masjid al-Aqsa, dan dari satu batu di sana, Baginda menaiki Buraq dan kemudiannya naik ke langit, ditemankan oleh malaikat Jibril, dan menghabiskan masa menjelajah langit dan menerima wahyu mewajibkan solat sebelum kembali ke bumi dan berkomunikasi dengan orang-orang yang beriman. Lokasi "masjid paling jauh" tidak dinyatakan dengan jelas di dalam al-Quran, tetapi ia berkait rapat dengan Baitulmuqaddis, walaupun Baitulmuqaddis tidak dinyatakan secara jelas di dalam al-Quran.